《蛇窟》是一部充满悬疑与惊悚色彩的冒险漫画，讲述了考古系学生周小凡在西南边境的深山探险时，误入一个被古老蛇群守护的地底遗迹——“蛇窟”。这里不仅有各种诡异巨蛇，还隐藏着关于一个失落文明的秘密。周小凡在躲避蛇群追杀的同时，结识了神秘的女向导阿幼，两人逐渐发现蛇窟深处封印着某种不该被唤醒的存在，而他们闯入并非偶然。
周小凡与阿幼终于抵达蛇窟最深处，发现了一座巨大的蛇形祭坛。坛上刻满古老文字，记载着献祭活人以换取“蛇神”庇护的仪式。就在他们解读文字时，沉睡的蛇王缓缓睁开了眼睛，整个蛇窟开始剧烈震动。
前进的道路被一面由无数巨大蛇鳞组成的墙壁挡住，墙壁散发着令人窒息的腥臭味。阿幼用随身携带的骨笛吹奏出特殊的旋律，鳞片墙竟然缓缓分开，露出一条幽深的通道，但两人都知道，他们正在一步步走向蛇窟的心脏。
周小凡在黑暗中产生了幻听，仿佛有无数个声音在他耳边低语，引诱他走向悬崖边缘。阿幼及时拉住了他，并告诉他这是“蛇惑”现象，越靠近核心区域，这种精神干扰就越强，必须保持心智坚定。
蛇窟中出现了一条由无数白骨铺成的“河流”，蜿蜒流向地底深处。周小凡辨认出这些骨头并非全是蛇骨，还有大量人类骸骨，这让他毛骨悚然，意识到这个遗迹的献祭历史远超想象，他们可能无法全身而退。
周小凡和阿幼遭遇了一条水桶粗的斑纹巨蟒，阿幼利用洞穴地形和蛇类习性巧妙周旋，周小凡则用点燃的火把驱赶巨蛇，两人合力才惊险逃脱，但阿幼的手臂被蛇尾扫中受了轻伤。
周小凡为追一只罕见的蝴蝶标本离开科考队，不慎滑落被藤蔓掩盖的地缝，醒来时发现自己身处一个遍布蛇卵的洞穴。他惊恐地发现所有蛇卵都在微微颤动，即将孵化，此时一个戴着银饰的少女身影出现在洞口，冷冷地看着他。